A mediados de la década de los 50, poco después de inaugurarse la “Base Aérea Trujillo”, luego San Isidro, comenzó la construcción del centro de formación académica para cadetes de las Fuerzas Armadas en terrenos contiguos a la “aviación”. El nombre que Trujillo pensó para la nueva institución fue “Academia Militar General Pedro Santana”, pero se dice que, debido a algunas sugerencias, cambió de parecer y optó por el nombre que actualmente lleva: “Academia Militar Batalla de Las Carreras”. Se trató, en cierto modo de un reconocimiento a la hoja de servicio de Santana, quien fue el jefe militar de esa memorable batalla.
Como se sabe, Trujillo se había propuesto reivindicar la figura histórica de Pedro Santana, a quien consideraba como “el más grande guerrero de nuestras luchas independentistas”; pero como no le fue posible ver realizado su deseo, es lícito conjeturar que cuando en 1956 ordenó la adecuación de la antigua iglesia de los jesuitas para convertirla en Panteón de la Patria, con toda seguridad habría llevado los restos de Santana a ese sagrado mausoleo.
Sin embargo, fue a Joaquín Balaguer a quien le correspondió exaltar la figura de Santana al Panteón de la Patria. Recuérdese que mediante el decreto No. 2140, del 7 de abril de 1972, el entonces presidente de la República ordenó que los restos mortales de los próceres que descansaban en la Capilla de los Inmortales de la Catedral de Santo Domingo fuesen trasladados al nuevo panteón nacional; y que también fueran llevados las cenizas de otros patriotas con iguales méritos, entre los cuales estaban Pedro Santana y Tomás Bobadilla.
El Panteón de la Patria fue inaugurado solemnemente el 16 de agosto de 1974, pero los restos de Santana no figuraron entre los patriotas exaltados ese día. ¿Qué sucedió? Es un misterio. Lo que sí se sabe es que la decisión de llevar sus restos al Panteón se presentó en 1976, cuando el país celebraría el primer centenario de la muerte de Duarte, a quien Santana deportó del país a perpetuidad, al igual que lo hizo con su madre y hermanos.
¿Cómo justificó Balaguer tan controversial decisión? En el decreto 1383, del 24 de octubre de 1975, se estableció que el traslado de Santana al panteón nacional debía realizarse en el año 1976, “dedicado a venerar la memoria del fundador de la República, Juan Pablo Duarte, para realizar un acto de reparación histórica que, por su alto sentido de justicia, él hubiera sido el primero en aprobar”. Santana, añadió Balaguer, “a pesar de su error como anexionista”, tenía “méritos suficientes como soldado y libertador, para que sus despojos mortales descansen junto a los restos de los próceres civiles y militares de la República”.
Con el decreto 1383 se da una curiosa coincidencia: fue emitido el 24 de octubre, fecha natalicia de Trujillo. Pero no fue coincidencia la disposición de que el controvertido traslado se realizara nada menos que ¡el 27 de febrero de 1976! Afortunadamente, la medida fue pospuesta para una fecha ulterior, evitándose así que, en medio de los festejos conmemorativos del primer centenario de la muerte del ilustre Fundador de la República, en la puerta del Conde se exhibiera simbólicamente un crespón negro en señal de duelo.