A pesar de que José Francisco Hidalgo, Notario Público Real y escribiente de la Real Audiencia de Santo Domingo, certificó que los restos exhumados en la Catedral, el 20 de diciembre de 1795, pertenecían a “algún difunto”, y en ninguna parte del acta notarial mencionó el nombre de Cristóbal Colón, las autoridades españolas de Cuba, por equivocación, recibieron los referidos despojos como si hubiesen sido los del célebre navegante genovés.
En efecto, el 19 de enero de 1796, la urna funeraria procedente de Santo Domingo, con los supuestos restos de Colón, fue depositada en la Catedral de La Habana en medio de una solemne ceremonia encabezada por el capitán general de la isla, Luis de las Casas, el arzobispo Juan José Diez de la Espada y otras autoridades coloniales.
Emilio de la Cruz Hermosilla, en su libro Los restos de Colón. Hacia el fin de una polémica (1989), refiere que en esa ocasión el escribano actuante, respetando el testimonio de su homólogo de Santo Domingo, consignó que luego de abrir la urna “se inspeccionaron en el fondo unas planchas del mismo metal, largo cuasi una tercia; unos pedazos pequeños de huesos como de algún difunto, y porción de tierra que parecía ser de aquel cadáver…”
Como puede comprobarse, el acta notarial levantada en Cuba fue prácticamente similar a la de Santo Domingo; pero, en vista de que el general Aristizábal insistía en que esos eran los restos del descubridor de América, don Miguel Méndez, que así se llamaba el escribano de La Habana, tuvo que transcribir la versión del militar de la siguiente manera: “De todo lo cual hizo el referido comandante general entrega al Excmo. Señor gobernador expresándole que aquellas cenizas eran del incomparable almirante Cristóbal Colón”.
No obstante, entre los dominicanos siempre persistió la duda sobre la autenticidad de los huesos desenterrados en diciembre de 1795 y, al cabo de varios años, durante el período de la España Boba, concretamente en 1812, el Ayuntamiento de la ciudad de Santo Domingo, por medio del representante dominicano ante las Cortes Españolas, Francisco Mosquera y Cabrera, solicitó a la Corona que los restos del Colón que estaban en La Habana fuesen devueltos a Santo Domingo.
De acuerdo con el historiador y arqueólogo Manuel García Arévalo, dicha petición contó con el aval del Duque de Veragua y fue aprobada el 3 de junio de 1812 mediante una Real Orden del Ministerio de Gracia y Justicia. Pero, dichas gestiones no prosperaron debido a que en 1821 se produjo el movimiento independentista de José Núñez de Cáceres y Santo Domingo se desvinculó de España.
Postreramente, ya fundado el Estado nación que los trinitarios llamaron República Dominicana, el Gobierno nunca renunció al derecho de reclamar los restos del Colón que estaban en La Habana. Así que, hacia 1875, bajo la presidencia de Ignacio María González, se retomó el proyecto de solicitar a España la devolución de las cenizas de Diego Colón; iniciativa que también contó con el apoyo del general Gregorio Luperón.
Sin embargo, dos años después las cosas cambiarían de manera inesperada, pues, a raíz de unas reparaciones que se llevaban a cabo en el presbiterio de la Catedral, se encontró un ataúd de plomo que contenía, debidamente identificados, ¡nada más y nada menos que los restos de Cristóbal Colón y Fontanarrosa, el ilustre Descubridor de América!